Služba obavlja slijedeće poslove: vodi registre kliconoša akutnih i kroničnih zaraznih bolesti, te provodi epidemiološki nadzor rizičnih mjesta za eventualnu pojavu zaraznih bolesti: jaslice, dječji vrtići, osnovne i srednje škole, đački domovi, domovi umirovljenika, objekti društvene prehrane. Dio posla je i planiranje, organizacija, kontrola, evaluacija, te pravljenje mjesečnih i godišnjih izvješća o provođenju obvezatnih cijepljenja na području Osječko-baranjske županije. Uz to, prate se i evidentiraju eventualne nepoželjne nuspojave i postvakcinalne komplikacije. Uz obvezatna, Služba obavlja i aplikaciju neobveznih cjepiva, a epidemiološki indiciranih cjepiva kao što je cjepivo protiv trbušnog tifusa, pneumokokne bolesti, krpeljnog meningoencefalitisa, bjesnoće i gripe. Služba za epidemiologiju, u okviru mjera za sprečavanje bolesti, kontinuirano radi na provođenju zdravstvenog odgoja i zdravstvenog prosvjećivanja stanovništva kroz pripremu promotivnih materijala, letaka i brošura, prigodnih predavanja za pučanstvo i provođenjem tečaja tzv. "Higijenskog minimuma" za osobe zaposlene u proizvodnji, prometu i prodaji namirnica za ljudsku uporabu. U Službi za epidemiologiju kontinuirano se obavlja edukacija zdravstvenih zaposlenika srednje, više i visoke stručne spreme tijekom njihovog pripravničkog staža. Zaposlenici sudjeluju i u provođenju nastave na srednjoj i višoj Medicinskoj školi u Osijeku i na Medicinskom Fakultetu Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera.
Od 01. ožujka, 2005. u okviru Službe otvoren je Centar za besplatno i anonimno HIV testiranje i savjetovanje (CTS). U Centru rade stručne osobe koje u suradnji s korisnikom pomažu u pronalasku rješenja za svaki individualni rizik od HIV infekcije. Centar je namijenjen svim osobama koje se žele testirati na HIV infekciju, te koje zatrebaju savjet i pomoć u vezi s HIV/AIDS-om. Osnovni cilj rada CTS-a je povećati dostupnost dobrovoljnom, anonimnom i besplatnom testiranju i savjetovanju cijeloj populaciji, pogotovo mladim osobama i osobama u skupinama rizičnog ponašanja. Radom savjetovališta važno je utjecati na usvajanje pozitivnih stavova i stilova života (odgovorno spolno ponašanje, nekorištenje droga...), održavati nisku razinu oboljelih od HIV/AIDS-a, te smanjiti rizik od povećanog širenja bolesti u budućnosti.